这种“雇佣军模式”带来的直接副作用是：项目选择方向的失衡和错位。站在科研单位角度，其对主要领域的发展方向和路线选择缺乏决定权，自身也没有足够资源布局。“有时单位想上的项目没有被批准，不太想上的反而被批准了，感觉项目能否被批准有相当大的随机性，所以干脆就把所有想做的、不想做的，着急的、不着急的项目都一口气报上去，看哪个能中。这就是为什么基础研究多年来的经费使用效益低下，因为选题并不是最好的，只能出小成果，出不了真正有价值的成果。”前述基础研究所所长说。

“yishenqingzhongyangheshengyijidexiangmuweili，yaoshenqing，nijiubixuyaoyougennonghuhezuodejingli，yaoyouliyilianjiejizhi。womengennonghuyiqizuoshiqing，suoyizaishenbaodeziliaozhunbeishang，womenfeichangqiang，zuoqilaiyehenjiandan。danzhengcefengxianyetebieda，youkenengyizhinabudaoqian。”guoqiqigaosu《zhongguoxinwenzhoukan》。“(“)以(yi)申(shen)请(qing)中(zhong)央(yang)和(he)省(sheng)一(yi)级(ji)的(de)项(xiang)目(mu)为(wei)例(li)，(，)要(yao)申(shen)请(qing)，(，)你(ni)就(jiu)必(bi)须(xu)要(yao)有(you)跟(gen)农(nong)户(hu)合(he)作(zuo)的(de)经(jing)历(li)，(，)要(yao)有(you)利(li)益(yi)链(lian)接(jie)机(ji)制(zhi)。(。)我(wo)们(men)跟(gen)农(nong)户(hu)一(yi)起(qi)做(zuo)事(shi)情(qing)，(，)所(suo)以(yi)在(zai)申(shen)报(bao)的(de)资(zi)料(liao)准(zhun)备(bei)上(shang)，(，)我(wo)们(men)非(fei)常(chang)强(qiang)，(，)做(zuo)起(qi)来(lai)也(ye)很(hen)简(jian)单(dan)。(。)但(dan)政(zheng)策(ce)风(feng)险(xian)也(ye)特(te)别(bie)大(da)，(，)有(you)可(ke)能(neng)一(yi)直(zhi)拿(na)不(bu)到(dao)钱(qian)。(。)”(”)郭(guo)祁(qi)琦(qi)告(gao)诉(su)《(《)中(zhong)国(guo)新(xin)闻(wen)周(zhou)刊(kan)》(》)。(。)