这种“雇佣军模式”带来的直接副作用是：项目选择方向的失衡和错位。站在科研单位角度，其对主要领域的发展方向和路线选择缺乏决定权，自身也没有足够资源布局。“有时单位想上的项目没有被批准，不太想上的反而被批准了，感觉项目能否被批准有相当大的随机性，所以干脆就把所有想做的、不想做的，着急的、不着急的项目都一口气报上去，看哪个能中。这就是为什么基础研究多年来的经费使用效益低下，因为选题并不是最好的，只能出小成果，出不了真正有价值的成果。”前述基础研究所所长说。

yibianshichenshuibianduociweiguidongyongdangjuziyuan，yindaogongyingqiyehetuanticanyugaotiezengzirugu；lingyibianshibenyingchengdanzengziyiwudewujiayuanshigudongqiyezhuandepenmanboman。youmeititongji，tamenjiedaolexiangdangyushijichuziesanbeidefenbaogongcheng。haiyoutiaozhazhi，zhewujiajinglikedashubaiyixintaibi。一(yi)边(bian)是(shi)陈(chen)水(shui)扁(bian)多(duo)次(ci)违(wei)规(gui)动(dong)用(yong)当(dang)局(ju)资(zi)源(yuan)，(，)引(yin)导(dao)公(gong)营(ying)企(qi)业(ye)和(he)团(tuan)体(ti)参(can)与(yu)高(gao)铁(tie)增(zeng)资(zi)入(ru)股(gu)；(；)另(ling)一(yi)边(bian)是(shi)本(ben)应(ying)承(cheng)担(dan)增(zeng)资(zi)义(yi)务(wu)的(de)五(wu)家(jia)原(yuan)始(shi)股(gu)东(dong)企(qi)业(ye)赚(zhuan)得(de)盆(pen)满(man)钵(bo)满(man)。(。)有(you)媒(mei)体(ti)统(tong)计(ji)，(，)它(ta)们(men)接(jie)到(dao)了(le)相(xiang)当(dang)于(yu)实(shi)际(ji)出(chu)资(zi)额(e)三(san)倍(bei)的(de)分(fen)包(bao)工(gong)程(cheng)。(。)还(hai)有(you)调(tiao)查(zha)指(zhi)，(，)这(zhe)五(wu)家(jia)净(jing)利(li)可(ke)达(da)数(shu)百(bai)亿(yi)新(xin)台(tai)币(bi)。(。)