2003年，作为中国科研体制改革“试验田”的北生所开始筹建，其目标是出人才、出成果、出机制。王晓东是北生所第一、二任所长，他对《中国新闻周刊》介绍，北生所目前每年能获得2.5亿元的稳定经费支持，分别来自北京市、科技部和清华大学。北生所实行理事会下的所长负责制，行政、财务完全自主。

zaizhuangcikanlai，jichuxuekeyanjiuzhongxindedingweiyaozugougao，keyiyituojuyoulianghaojichudeyanjiuyuansuohuogaoxiaoqujianshe，zhengfugeiyuzugoufengyudewendingzhichijingfei，yizhonglixiangdeyunxingmoshishicanzhaoriben“shijiedingjiguojiyanjiuzhongxin（WPI）”jihua。在(zai)庄(zhuang)辞(ci)看(kan)来(lai)，(，)基(ji)础(chu)学(xue)科(ke)研(yan)究(jiu)中(zhong)心(xin)的(de)定(ding)位(wei)要(yao)足(zu)够(gou)高(gao)，(，)可(ke)以(yi)依(yi)托(tuo)具(ju)有(you)良(liang)好(hao)基(ji)础(chu)的(de)研(yan)究(jiu)院(yuan)所(suo)或(huo)高(gao)校(xiao)去(qu)建(jian)设(she)，(，)政(zheng)府(fu)给(gei)予(yu)足(zu)够(gou)丰(feng)裕(yu)的(de)稳(wen)定(ding)支(zhi)持(chi)经(jing)费(fei)，(，)一(yi)种(zhong)理(li)想(xiang)的(de)运(yun)行(xing)模(mo)式(shi)是(shi)参(can)照(zhao)日(ri)本(ben)“(“)世(shi)界(jie)顶(ding)级(ji)国(guo)际(ji)研(yan)究(jiu)中(zhong)心(xin)（(（)W(W)P(P)I(I)）(）)”(”)计(ji)划(hua)。(。)