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2003年,作为中国科研体制改革“试验田”的北生所开始筹建,其目标是出人才、出成果、出机制。王晓东是北生所第一、二任所长,他对《中国新闻周刊》介绍,北生所目前每年能获得2.5亿元的稳定经费支持,分别来自北京市、科技部和清华大学。北生所实行理事会下的所长负责制,行政、财务完全自主。
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王贻芳建议,应给予科研单位充分自主权,将科研经费具体分配、使用权下放给研究机构。只有研究所自己才有专业能力判断,什么是领域内真正前沿和重要的问题?什么是真正的“从0到1”的原创性项目?站在整个机构统筹的角度,什么是未来3~5年或5~10年应该重点聚焦的方向?对这些问题的回答应由所长充分征集科研人员的建议,并平衡好各方不同需求后再确定。“对基础研究机构而言,必须要有相当比例的项目非常具有前瞻性,但目前所里没有一个明确的战略聚焦方向,每个课题组都是直接和科技部、基金委签合同。”